寻找配体解离的多种反应路径
化学物理
2019-06-18 v5 生物物理
摘要
在大型体系中搜索描述稀有事件的反应路径是化学与物理领域长期存在的挑战。错误计算的反应路径会导致微观构型简并并无法采样隐藏的能垒。为此，我们提出一种通用的增强采样方法，通过对描述配体-蛋白质相互作用的损失函数进行非凸优化，来寻找配体解离的多种不同反应路径。该方法利用自适应偏置势成功克服大能垒，并仅需要晶体学信息，无需中间态或终态的初始猜测，即可沿瞬态通道构建可能的反应路径。我们在常用于研究配体-蛋白质结合的模型体系 T4 溶菌酶 L99A 突变体上检验了该方法，提供了先前未知的反应路径，并表明利用偏置势和通道宽度可以捕捉所发现瞬态蛋白质通道之间解离机制的异质性。
引用
@article{arxiv.1808.08089,
title = {Finding Multiple Reaction Pathways of Ligand Unbinding},
author = {J. Rydzewski and O. Valsson},
journal= {arXiv preprint arXiv:1808.08089},
year = {2019}
}