蛋白质空腔中配体驱逐的模因算法
化学物理
2019-03-21 v2 生物大分子
摘要
配体通过蛋白质的扩散是调控生物信号传导与酶催化的基本过程。蛋白质通道的复杂拓扑结构导致利用标准分子动力学 (MD) 模拟计算配体逃逸路径存在困难。本文提出两种用于搜索配体出口路径与空腔探索的新方法：记忆随机加速分子动力学 (mRAMD) 与模因算法 (memetic algorithms, MA)。在 mRAMD 中，寻找出口路径基于引入以优化解离力的非马尔可夫偏置。在 MA 中，利用混合学习协议预测最优配体出口路径。这些方法在三种通道复杂度递增的蛋白质上进行了测试：M2 muscarinic receptor、nitrile hydratase 和 cytochrome P450cam。在这些情况下，所提方法优于当前用于寻找配体逸出路径的标准技术。该提出的方法具有通用性，适用于物体通过蛋白质通道网络的加速传输。
引用
@article{arxiv.1507.00150,
title = {Memetic Algorithms for Ligand Expulsion from Protein Cavities},
author = {Jakub Rydzewski and Wieslaw Nowak},
journal= {arXiv preprint arXiv:1507.00150},
year = {2019}
}