CaverDock：一种用于配体传输快速分析的新方法
生物物理
2019-10-21 v1
摘要
本文提出一种用于蛋白质中传输过程分析的新方法及其实现 CaverDock。我们的方法基于改进的分子对接算法。它沿通道迭代地放置配体，使得配体运动连续且能量最小化。CaverDock 计算的结果是配体轨迹和传输过程的能量分布。CaverDock 使用改进的对接程序 Autodock Vina 进行分子对接，并实现了一种用于搜索可能轨迹空间的并行启发式算法。我们的方法介于几何方法与分子动力学模拟之间。与几何方法不同，它提供了对化学力的评估。然而，与分子动力学模拟相比，它的计算需求低得多且更易于设置。CaverDock 将在计算酶学、药物设计和蛋白质工程领域得到广泛应用。该软件对学术用户免费提供，网址为 https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverdock/。
引用
@article{arxiv.1809.03453,
title = {CaverDock: A Novel Method for the Fast Analysis of Ligand Transport},
author = {Jiří Filipovič and Ondřej Vávra and Jan Plhák and David Bednář and Sérgio M. Marques and Jan Brezovský and Luděk Matyska and Jiří Damborský},
journal= {arXiv preprint arXiv:1809.03453},
year = {2019}
}