全原子模拟中的配体解离机制：我们做到了吗？
生物物理
2018-09-13 v1 生物大分子
摘要
计算资源和采样方法两方面的巨大并行进展，使得现在可以以全原子分辨率模拟配体-蛋白质复合物中的解离事件。这一令人鼓舞的进展，加上分子模拟固有的时空分辨率，使其用于研究解离过程潜力十足，无论是在理性药物设计中作为确定解离速率常数背后机制驱动力的宝贵工具，还是在力场开发中提供可用于精炼力场的瞬态分子结构目录。尽管在提高力场精度方面已取得诸多进展，减少其对过渡路径上瞬态结构的误差可能仍是使动力学预测更准确的关键发展。接下来我们将提供用于研究配体-蛋白质解离过程动力学与机制分子动力学(MD)方法的最新汇编。由于此类过程的时间尺度慢于直接 MD 模拟可及范围，正以极快速度设计若干巧妙方案以克服此障碍。我们在此提供此类方法及其在提取配体-蛋白质解离机制洞察方面的成就与不足的及时概览。我们以一项批判且具挑衅性的评估作结，试图回答本综述的标题。
引用
@article{arxiv.1809.04540,
title = {Ligand dissociation mechanisms from all-atom simulations: Are we there yet?},
author = {Joao Marcelo Lamim Ribeiro and Sun-Ting Tsai and Debabrata Pramanik and Yihang Wang and Pratyush Tiwary},
journal= {arXiv preprint arXiv:1809.04540},
year = {2018}
}