利用非平衡靶向分子动力学模拟估算蛋白质-配体解离动力学
生物大分子
2019-11-12 v2 生物物理
化学物理
计算物理
摘要
我们在此报道将非平衡靶向分子动力学模拟作为估算蛋白质-配体解离动力学的工具。通过将模拟与结合于分子伴侣 Hsp90 氨基端结构域的两个小分子化合物库的表面等离子共振动力学测量和 X 射线晶体学实验数据进行关联，我们表明在强制配体解离的轨迹系综中计算得到的平均非平衡功，是预测配体解离速率的一个有前景的指标。我们进一步研究了决定化合物库内解离速率的分子基础。我们提出配体构象变化和蛋白质-配体非键相互作用会影响解离速率。如果配体与靶标表现出强静电和/或范德华相互作用，它们可能在蛋白质上停留更久。然而，对于具有刚性化学骨架且表现出更长驻留时间的配体，与蛋白质的瞬态静电相互作用似乎促进了解离。我们的结果意味着，理解解离路径及沿该路径的蛋白质-配体相互作用，对于预测具有确定解离行为的分子配体至关重要。
引用
@article{arxiv.1907.10963,
title = {Estimation of Protein-Ligand Unbinding Kinetics Using Non-Equilibrium Targeted Molecular Dynamics Simulations},
author = {Steffen Wolf and Marta Amaral and Maryse Lowinski and Francois Vallée and Djordje Musil and Jörn Güldenhaupt and Matthias K. Dreyer and Jörg Bomke and Matthias Frech and Jürgen Schlitter and Klaus Gerwert},
journal= {arXiv preprint arXiv:1907.10963},
year = {2019}
}
备注
This unedited version of the article may be downloaded for personal use only. Any other use requires prior permission of the author and the American Chemical Society. This article appeared in J. Chem. Inf. Model. (2019), 10.1021/acs.jcim.9b00592 and may be found at https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.9b00592