刚性增强是蛋白质-配体结合的重要机制

蛋白质-配体结合对几乎所有生命过程都至关重要。理解蛋白质-配体相互作用对理性药物设计和蛋白质设计具有根本重要性。基于大规模数据集，我们表明蛋白质刚性增强或柔性降低是蛋白质-配体结合中的关键机制。我们仅基于刚性的方法能够揭示四个残基层对蛋白质-配体结合的出人意料的长程贡献，这对药物和蛋白设计有意义。此外，本工作揭示在各种成对相互作用中，范德华直径距离内的短程相互作用最为重要。发现本方法在两个基准数据集的蛋白质-配体结合亲和力预测上优于所有其他最先进的评分函数。