通过耗散修正靶向分子动力学与朗之万方程模拟预测离子通道电导
生物物理
2021-12-28 v5 生物大分子
摘要
离子通道是生理信息传递和功能调控的重要蛋白质。为了预测其电压-电导特性的微观起源，我们以钾离子通过短杆菌肽 A 通道的扩散为测试体系，在此应用了耗散修正靶向分子动力学结合朗之万方程模拟。对骨架二面角进行非平衡主成分分析，我们发现离子转移过程中存在蛋白质-离子耦合动力学。耗散修正的自由能剖面与其他偏置模拟方法的预测吻合良好。在朗之万模拟中引入外电场，能够以 I-V 特性的形式预测宏观可观测量。
引用
@article{arxiv.2104.11199,
title = {Predicting ion channel conductance via dissipation-corrected targeted molecular dynamics and Langevin equation simulations},
author = {Miriam Jäger and Thorsten Koslowski and Steffen Wolf},
journal= {arXiv preprint arXiv:2104.11199},
year = {2021}
}
备注
This preprint is the unedited version of a manuscript that has been published in J. Chem. Theory Comput. (2021) 10.1021/acs.jctc.1c00426 and can be downloaded for private use only. Copyright is with J. Chem. Theory Comput. and ACS