非平衡分子动力学模拟的最优 Langevin 建模
统计力学
2008-08-22 v1 软凝聚态物质
数据分析、统计与概率
摘要
我们提出了一种方案，用于从分子动力学模拟生成的数据中推导少数集体变量的最优参数化 Langevin 动力学。控制 Langevin 动力学的漂移和位置依赖的扩散剖面被表示为输入轨迹的显式平均值。所提出的策略适用于输入轨迹是通过施加外部时间依赖力使系统受力而生成的情况（相对于正则平衡轨迹）。其次，它提供了对漂移和扩散剖面统计不确定性的显式控制。这些特征使得设计驱动系统的外部力成为可能，从而在感兴趣的整个相空间中最大化漂移和扩散剖面的准确性。我们还提供了定量标准，以便事后评估应用该方法所需条件的满足情况，即集体变量随机动力学的马尔可夫特性。
引用
@article{arxiv.0805.3606,
title = {Optimal Langevin modelling of out-of-equilibrium molecular dynamics simulations},
author = {Cristian Micheletti and Giovanni Bussi and Alessandro Laio},
journal= {arXiv preprint arXiv:0805.3606},
year = {2008}
}
备注
To be published on Journal of Chemical Physics