从短分子动力学轨迹获取自由能、摩擦与质量分布
统计力学
2018-10-02 v1
摘要
我们致力于解决在集体变量上投影的分子系统动力学的精确数学模型构建问题。为此，我们引入一种算法，优化标准或广义 Langevin 方程(朗之万方程)的参数，直至后者以忠实的方式复现一组分子动力学轨迹。特别地，以溶剂化脯氨酸二肽为测试用例，我们给出证据表明，约 100 条在高势垒顶端初始化的短轨迹编码了重建自由能、摩擦和质量分布(包括非马尔可夫效应)所需的全部信息。该方法以概念上直接的方式获取活化过程的热力学与动力学，仅使用标准无偏分子动力学轨迹，并且在计算代价上相对于现有增强采样方法具有竞争力。此外，从相同初始数据出发为不同集体变量系统构建 Langevin 模型，有助于反应坐标优化。
引用
@article{arxiv.1810.00713,
title = {Free energy, friction, and mass profiles from short molecular dynamics trajectories},
author = {Andrea Pérez-Villa and Fabio Pietrucci},
journal= {arXiv preprint arXiv:1810.00713},
year = {2018}
}
备注
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