基于预测电流-电压特征的离子通道结构模型快速评估
生物大分子
2016-01-12 v1 定量方法
摘要
计算预测蛋白质结构是一项困难任务，涉及对候选模型结构的快速准确评估。我们提出用功能评估阶段来增强单模型质量评估，针对那些定量功能特征已知的蛋白质。特别地，该想法可应用于离子通道结构模型的评估，其主要功能——传导离子——可通过膜片钳技术定量测量提供电流-电压特征。研究在一组从完整和不完整接触图获得的KcsA通道模型上进行。使用快速连续电扩散模型计算结构模型的电流-电压特征。我们发现计算的电荷选择性和总电流对模型的结构和静电质量敏感。实际上，我们展示了评估预测的电导值是消除具有闭塞孔道或多个错误形成孔道的模型的合适方法。此外，基于预测电荷选择性过滤模型导致候选集中高精度模型的大幅富集。除了作为概念验证外，我们面向功能的单模型质量评估工具可直接应用于强选择性蛋白质通道结构模型的评估。最后，我们的工作提出了一个重要问题：是否应尽可能在结构模型评估过程中加入功能的计算验证。
引用
@article{arxiv.1506.06662,
title = {Fast assessment of structural models of ion channels based on their predicted current-voltage characteristics},
author = {Witold Dyrka and Monika Kurczyńska and Bogumił M. Konopka and Małgorzata Kotulska},
journal= {arXiv preprint arXiv:1506.06662},
year = {2016}
}