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蛋白质折叠时间的链长标度

凝聚态物理 2009-10-28 v1 q-bio

摘要

我们使用立方晶格上的蒙特卡洛模拟研究了类蛋白质杂聚物折叠成独特三维结构的过程。我们发现,在最快折叠温度下,长度为 NN 的链的折叠时间按 NλN^\lambda 标度。对于具有随机单体序列的链,λ6\lambda \approx 6;对于序列被设计为其基态构象提供显著能量最小值的链,λ4\lambda \approx 4。低温下的折叠表现出类似阿伦尼乌斯的行为,能垒为 EbϕEnE_b \approx \phi |E_n|,其中 EnE_n 是天然构象的能量。对于随机序列和设计序列,ϕ0.18\phi \approx 0.18

关键词

引用

@article{arxiv.cond-mat/9606180,
  title  = {Chain length scaling of protein folding time},
  author = {A. M. Gutin and V. I. Abkevich and E. I. Shakhnovich},
  journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/9606180},
  year   = {2009}
}