折叠速率随蛋白质长度的依赖性

使用带侧链的三维 Go 格子模型，研究折叠时间随蛋白质长度的依赖性。与之前的理论预测一致，我们发现折叠时间随链长 N 的幂律增长，指数 $\lambda \approx 3.6$ 适用于 Go 模型，其中所有本源相互作用（即侧链与脊链原子之间的相互作用）均为均匀。如果侧链之间的相互作用由成对统计势能给出，这种引入能量异质性的做法则导致幂律拟合得到较大的 $\lambda$ 值，这通常意味着出现一种向底层活化过程的横截面。因此，折叠时间的最佳描述方式为 stretched exponential \exp(\sqrt{N})。该研究还表明，侧链的加入显著延慢折叠速度，通过引入能量和拓扑扰动实现。