蛋白折叠速率的微观理论II：局部反应坐标与链动力学

本文探讨了蛋白折叠过程中跨越势能面鞍点区域不稳定波动的集体生长模式——局部反应坐标——所涉及的运动，完成了对蛋白折叠微观描述的阐述。链动力学的描述包含了由脊链二面角基本异构构成的内部摩擦（独立于溶剂粘度），我们发现折叠速率在高粘度下随溶剂粘度线性依赖，但在低粘度下因内部摩擦而饱和。对于λ-阻滞剂，计算得到的折叠速率前因联合变分理论得到的自由能垒，给出的折叠速率在高度稳定条件下与实验测定值良好一致，但在中点态预测的折叠速率过大。这种在相对完整定量理论下的偏差引发了关于链动力学、特别是单个接触形成中细节运动的新问题。