蛋白质折叠漏斗反应坐标的扩散动力学
凝聚态物理
2016-08-31 v1 chem-ph
生物大分子
摘要
我们检验了使用扩散集体反应坐标对模型蛋白质折叠动力学进行定量描述的可行性。通过蒙特卡罗模拟，确定了 27 聚体、三字母编码晶格模型（大致对应于一个小型螺旋蛋白质）的直接折叠动力学、扩散系数和自由能分布。使用简单扩散速率理论的分析折叠计算结果与完整模拟结果吻合得非常好。该系统中的折叠最好被视为一个扩散的、漏斗状的过程。
引用
@article{arxiv.cond-mat/9601091,
title = {Diffusive Dynamics of the Reaction Coordinate for Protein Folding Funnels},
author = {N. D. Socci and J. N. Onuchic and P. G. Wolynes},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/9601091},
year = {2016}
}
备注
LaTeX 12 pages, figures included