类蛋白质折叠的离散分子动力学研究
统计力学
2007-05-23 v1 q-bio
摘要
背景：已 attempted 多次解决计算机模拟中模型蛋白质折叠的时间分辨问题。不同的方法相继出现。一些方法对蛋白质的几何性质不敏感（格子模型），而另一些方法则计算负担沉重（传统 MD）。结果：我们采用 Zhou 和 Karplus 近期提出的方法，基于离散时间分子动力学算法研究模型蛋白质的折叠。我们展示了该算法能够分辨折叠—展开转换。此外，我们演示了能够研究该模型蛋白质的核心部位。结论：该算法以及模型中残基间相互作用的组合，可作为研究模型蛋白质热力学和动力学的工具。
引用
@article{arxiv.cond-mat/9812291,
title = {Discrete molecular dynamics studies of the folding of a protein-like model},
author = {Nikolay V. Dokholyan and Sergey V. Buldyrev and H. Eugene Stanley and Eugene I. Shakhnovich},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/9812291},
year = {2007}
}
备注
15 pages including 20 figures (Folding & Design in press)