粗粒化模型视角下的蛋白质折叠热力学
软凝聚态物质
2007-12-06 v1
摘要
蛋白质折叠与聚集、蛋白质与膜的相互作用，以及有机软物质在无机固体基底上的吸附，属于理解复杂大分子结构与功能中最具挑战性的问题。这些问题的跨学科特性源于其涉及范围广泛，从生物功能丧失的分子起源（例如阿尔茨海默病）到用于生物传感应用的有机电路开发。本讲座重点分析用于蛋白质折叠、聚集以及软凝聚态与硬凝聚态混合系统的介观模型。粗粒化模型的简洁性使得能够对 notoriously difficult 的蛋白质折叠问题进行更普适的描述。在此方法下，可以根据构象伪相（conformational pseudophases）对结构形成过程进行分类。这在聚集和吸附过程中也是类似的，其中单个折叠倾向受到外力的影响。构象转变研究中的主要问题是，构成蛋白质的氨基酸序列长度必然是有限的，因此不存在热力学极限。因此，严格热力学意义上的结构转变并非相变，且伪普适性方面的分析十分复杂，因为显然所有构象转变都伴随着不可忽略的小系统效应。
引用
@article{arxiv.0710.4958,
title = {Thermodynamics of Protein Folding from Coarse-Grained Models' Perspectives},
author = {Michael Bachmann and Wolfhard Janke},
journal= {arXiv preprint arXiv:0710.4958},
year = {2007}
}
备注
43 pages, 18 figures, to appear in Lect. Notes Phys. 736 (Springer, Berlin, 2008)