基于结构的蛋白质模型中的折叠准则
生物大分子
2016-05-23 v1
摘要
在基于结构的蛋白质模型中，人们常假设当所有接触都建立时折叠完成。这一假设经常导致一个概念性问题，即折叠发生在热力学稳定性极低的温度区域，尤其是当所使用的接触图过于稀疏时。我们考虑了六种不同的基于结构的模型，并表明允许一小部分（但依赖于模型）的天然接触未建立，可大幅提升折叠温度，同时仅以微小方式影响折叠时间尺度。我们还比较了这六种模型的其他性质。我们表明，对主链刚度的描述选择对与平衡和动力学性质相关的特征温度值有实质性影响。发现没有任何主链刚度的模型（如自组织聚合物）在与刚度模型性能相似，包括在拉伸研究中。
引用
@article{arxiv.1605.06379,
title = {Criteria for folding in structure-based models of proteins},
author = {Karol Wołek and Marek Cieplak},
journal= {arXiv preprint arXiv:1605.06379},
year = {2016}
}
备注
8 pages, 4 figures