蛋白质折叠与晶格上的动力学模型
统计力学
2009-10-31 v2 生物大分子
摘要
我们研究了方形晶格上16单体杂聚物的折叠。对于给定的序列，天然态的热力学性质和稳定性是唯一的。然而，折叠动力学取决于系统时间演化所采用的动力学模型。我们考虑了三种这样的模型：Rouse类动力学，包括单单体移动或单双单体移动，以及“滑行蛇”动力学。通常，蛇动力学比Rouse类动力学具有较差的折叠性质，但也可以找到相反行为的例子。这种行为与当特定动力学的移动检查其稳定性时，哪些构象作为局部能量最小值有关。与折叠过程中停留在非天然最小值中的组合概率相关的特征温度与最快折叠的温度一致。对的研究提供了一种确定最佳折叠条件的简便数值方法。
引用
@article{arxiv.cond-mat/9806182,
title = {Protein folding and models of dynamics on the lattice},
author = {Trinh Xuan Hoang and Marek Cieplak},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/9806182},
year = {2009}
}
备注
REVTeX, 5 pages, 6 EPS figures, to appear in J. Chem. Phys