溶剂近邻层如何调控蛋白质动力学
软凝聚态物质
2008-09-23 v1
摘要
本研究在一系列低于和高于各自动力学转变温度的条件下，考察了折叠蛋白质在水和甘油中的动力学行为。该系统被建模为两种截然不同的状态：在低温下，蛋白质与体相溶剂去耦合；在生理温度下，蛋白质通过近邻层与体相溶剂进行通讯。线性粘弹性模型阐明了蛋白质骨架动力学中观察到的弛豫时间增幅低于预期的现象。该模型进一步解释了转变发生后蛋白质柔性的增加，以及不同溶剂环境下柔性差异的原因。近邻层与蛋白质涨落之间的耦合对于解释这些观测结果是必要的。据推测，一旦蛋白质体积涨落达到容纳不同尺寸溶剂的阈值，近邻层便会形成。对蛋白质耦合近邻层的熵 - 能贡献的补偿，量化了不同溶剂中动力学转变温度的标度关系。蛋白质通过调整表面基团二面角的构象跳跃数量，适应不同的构象路径以组织与特定溶剂所需的耦合。
引用
@article{arxiv.0707.1610,
title = {How a Vicinal Layer of Solvent Modulates the Dynamics of Proteins},
author = {C. Atilgan and A. O. Aykut and A. R. Atilgan},
journal= {arXiv preprint arXiv:0707.1610},
year = {2008}
}