核糖体出口通道处新生蛋白质的折叠与逃逸

我们利用具有粗粒化模型的朗之万动力学，研究了两种小单结构域蛋白质在核糖体出口通道处的翻译后折叠与逃逸之间的相互作用。结果表明，在低于或接近最快折叠温度时，折叠与逃逸过程同时进行，导致矢量折叠并增强新生蛋白质的可折叠性。然而，随着温度升高，这两个过程之间的伴随性变差。我们的折叠模拟以及使用伞形采样进行的自由能计算表明，在低温下，通道内的折叠遵循一条或两条特定路径，没有动力学陷阱。研究表明，逃逸时间可以映射到一个一维扩散模型，在折叠转变温度上下呈现两种不同的机制。氨基酸与通道壁上的吸引位点之间的吸引相互作用沿蛋白质逃逸路径产生自由能势垒。这表明该势垒减缓了逃逸过程，从而促进了释放的新生蛋白质的正确折叠。