蛋白质二维离格模型的折叠

构造了二维离格模型序列，使其天然态接近于格点上的目标结构。哈密顿量包含伦纳德-琼斯和谐波相互作用。这些序列的天然态通过蒙特卡洛过程以很高的确定性确定。从热力学和动力学上刻画了这些序列。研究表明，基于排序分配的接触能方案在离格模型中通常失效，尽管它能在格点序列中产生高稳定性。与格点情况类似，Go 式建模（其中相互作用势限定于目标形状中的天然接触）产生了良好的折叠性质。引入其他接触会恶化这些性质。