siRNA 在碳纳米管内的易位与封装

J. P. Coe; D. J. Taylor; M. J. Paterson

doi:10.1063/1.4767052

siRNA 在碳纳米管内的易位与封装

化学物理 2012-12-12 v1 计算物理

作者: J. P. Coe , D. J. Taylor , M. J. Paterson

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摘要

我们报告了使用显式溶剂的全原子分子动力学 (MD) 模拟，观察到小干扰 RNA (siRNA) 在不同直径和手性的碳纳米管 (CNTs) 内发生自发易位。我们使用伞形采样方法计算了 siRNA 进入和易位事件的自由能景观。自由能剖面显示，siRNA 在 CNT 内易位时获得自由能，而从 CNT 逸出的势垒范围在 40 至 110 kcal/mol 之间，具体取决于 CNT 的手性和盐浓度。易位时间 $\tau$ 随 CNT 直径的增加而减小，易位的临界直径为 24 \AA。相比之下，相同序列的双链 DNA (dsDNA) 由于易位存在巨大的自由能势垒，无法在 CNT 内易位。这项研究有助于在微观层面理解核酸通过纳米孔的传输，并可能有助于设计基于碳纳米管的 siRNA 传感器。

关键词

siRNA 易位碳纳米管分子动力学模拟自由能景观伞形采样

引用

@article{arxiv.1212.2526,
  title  = {Calculations of Potential Energy Surfaces Using Monte Carlo Configuration Interaction},
  author = {J. P. Coe and D. J. Taylor and M. J. Paterson},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1212.2526},
  year   = {2012}
}

备注

14 pages, 22 figures

siRNA 在碳纳米管内的易位与封装

摘要

关键词

引用

备注

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