蛋白质和膜相互作用的框架
计算工程、金融与科学
2009-11-25 v1 计算机科学中的逻辑
分子网络
定量方法
摘要
我们介绍了BioBeta框架，这是一个用于活细胞蛋白质水平和膜水平相互作用的元模型。该形式化旨在提供一个形式化环境，用于编码、比较和合并不同抽象层次的模型；特别是，高层次（例如膜）活动可以基于低层次（即蛋白质）相互作用给出形式化的生物学解释。BioBeta规范提供了一个蛋白质签名以及一组蛋白质反应，其精神类似于kappa-演算。此外，该规范描述了蛋白质配置何时触发仅允许的两种膜相互作用之一，即“捏合”和“融合”。在本文中，我们定义了BioBeta的语法和语义，分析了其性质，将其解释为双图反应系统，并通过与kappa-演算的比较以及对重要示例的建模来讨论其表达能力。值得注意的是，BioBeta是为相同目的基于双图元模型设计的。因此，该演算的每个实例都对应于一个双图反应系统，反之亦然（几乎）。因此，我们可以继承双图的丰富理论，例如标记转换系统和行为同余的自动构造。
引用
@article{arxiv.0911.4513,
title = {A framework for protein and membrane interactions},
author = {Giorgio Bacci and Davide Grohmann and Marino Miculan},
journal= {arXiv preprint arXiv:0911.4513},
year = {2009}
}