基于分子有限自动机的生化系统规则建模与模拟
定量方法
2010-09-16 v2 分子网络
摘要
我们提出了一种理论形式——分子有限自动机（MFA），用于将单个蛋白质描述为基于规则的计算机器。MFA形式通过构建可编程和可执行的机器，为建模单个蛋白质行为和系统级动力学提供了一个框架。在该形式内指定的模型明确表示了由外部输入驱动的单个蛋白质的上下文敏感动力学，并将蛋白质-蛋白质相互作用表示为同步的机器重构。确定性和随机模拟均可用于定量计算MFA模型的动力学。我们将MFA形式应用于建模和模拟一个涉及MAP激酶级联和支架蛋白的信号转导系统的简单实例。
引用
@article{arxiv.1007.1315,
title = {Rule-based Modeling and Simulation of Biochemical Systems with Molecular Finite Automata},
author = {Jin Yang and Xin Meng and William S. Hlavacek},
journal= {arXiv preprint arXiv:1007.1315},
year = {2010}
}
备注
23 pages, 6 figures