蛋白质的自动机模型：构象与功能状态的动力学

在这篇概念性论文中，我们提议探索量子现象的本体/认识描述与蛋白质的构象和功能状态动力学之间的相互关系之间的类比。另一个新思想是应用自动机理论对后一种动力学建模。在我们的模型中，蛋白质的行为借助两个动力系统（本体和认识）来建模，它们分别描述蛋白质构象和功能状态的演化。认识自动机是在本体状态空间上基于功能（观测）等价关系从本体自动机构建的。这让人想起一些涌现量子力学的方法，其中量子（认识）态被视为表示一类前量子（本体）态。这种方法与标准的蛋白质结构-功能范式不匹配。然而，它非常适合于对内在无序蛋白质的行为建模。在数学上，蛋白质的本体状态（构象状态）空间借助 $p$-进数或更一般的超度量空间来建模，这些空间编码了蛋白质的内部层次结构。简要讨论了与 $p$-进动力系统理论的联系。