从蛋白质相互作用网络预测多相生物分子凝聚体的形态
软凝聚态物质
2024-07-31 v2 生物物理
摘要
含有蛋白质和RNA的相分离生物分子凝聚体可通过在不混溶相之间形成热力学稳定界面，组装成更高阶结构。利用一个蛋白质/RNA相互作用网络的最小模型，我们展示了一种分配到多相凝聚体两相中的“共享”蛋白质物种如何充当可调的表面活性剂，调节界面性质。我们使用蒙特卡罗模拟和自由能计算来确定条件，在此条件下，低浓度的该共享物种足以触发润湿转变。我们还描述了一种基于经典密度泛函理论的数值方法，可直接从模型蛋白质/RNA相互作用网络预测浓度分布和表面张力。最后，我们表明，从我们的计算中得出的润湿相图可以通过一个简单的选择性吸附到波动界面的模型来理解。我们的工作展示了一种低浓度蛋白质物种如何可能充当调节多相凝聚体形态的生物开关。
引用
@article{arxiv.2312.02806,
title = {Predicting the morphology of multiphase biomolecular condensates from protein interaction networks},
author = {Tianhao Li and William M. Jacobs},
journal= {arXiv preprint arXiv:2312.02806},
year = {2024}
}