模拟具有多结构域模型蛋白的染色质介导相分离

我们模拟了一个包含简单模型蛋白和代表染色质的聚合物体系。我们研究了蛋白-蛋白与蛋白-染色质相互作用之间的相互影响，以及由液-液相分离或经由“桥联诱导吸引”机制所产生的凝聚体。对于多价相互作用的蛋白，我们获得了一个包含类液滴、吸收聚合物的液滴以及被包覆聚合物区域的相图。特别令人感兴趣的是一种仅因与聚合物相互作用才形成蛋白液滴的区域；在此区域中，与标准相分离体系不同，液滴密度而非尺寸随总体蛋白浓度变化。我们还观察到当染色质被吸收时，液滴内蛋白动力学变慢。若蛋白-蛋白相互作用具有严格受限的价态，则观察到分形或凝胶状凝聚体。总体而言，这为活细胞中蛋白-染色质凝聚体的性质提供了与生物学相关的见解。