聚合物压缩与蛋白质启发斑图粒子的桥联诱导聚集
软凝聚态物质
2020-06-24 v1 生物大分子
摘要
许多蛋白质或蛋白质复合物具有多个DNA结合结构域。这使得它们能够同时结合到DNA分子（或染色质纤维）上的多个位点。也有许多蛋白质被发现能够在体外压缩DNA，还有更多蛋白质在荧光标记并体内成像时以焦点或斑点形式被观察到。在这项工作中，我们使用粗粒化朗之万动力学模拟，研究简单模型蛋白质对聚合物的压缩以及一种称为“桥联诱导吸引”的现象。后者是先前模拟[Brackley et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 110 (2013)]中观察到的一种机制，其中建模为球体的蛋白质通过其与聚合物的多价相互作用形成团簇，即使不存在任何显式的蛋白质-蛋白质吸引相互作用。在此我们将这一概念推广到更细致的模型蛋白质，表示为与半柔性珠-弹簧聚合物相互作用的简单“斑图粒子”。我们发现，压缩能力以及桥联诱导吸引的效应均依赖于模型蛋白质的价态。这些效应还依赖于蛋白质的形状，后者决定了其形成桥联的能力。
引用
@article{arxiv.1912.03188,
title = {Polymer compaction and bridging-induced clustering of protein-inspired patchy particles},
author = {C. A. Brackley},
journal= {arXiv preprint arXiv:1912.03188},
year = {2020}
}