ReactEmbed：面向生物反应网络引导下的蛋白-分子表征统一的即插即用模块
机器学习
2026-05-26 v3
摘要
最新模型分别在不同的嵌入流形中表示蛋白质和分子，这限制了对系统生物学过程的建模。我们引入 ReactEmbed，一个轻量级、即插即用的模块，用于弥合这一差距。ReactEmbed 基于生物化学反应网络作为功能上下文来源，依据共同参与反应定义共享的功能范围这一原理。该模块利用加权反应图和专用抽样策略，将来自 ESM-3 和 MolFormer 等模型的冻结嵌入对齐到统一空间中。此过程丰富了单模态嵌入，使其在跨域基准测试中实现卓越性能。ReactEmbed 提供了一种无需高成本重新训练即可统一生物表征的实用方法。代码和数据库已开放供使用。
引用
@article{arxiv.2501.18278,
title = {ReactEmbed: A Plug-and-Play Module for Unifying Protein-Molecule Representations Guided by Biochemical Reaction Networks},
author = {Amitay Sicherman and Kira Radinsky},
journal= {arXiv preprint arXiv:2501.18278},
year = {2026}
}