基于Bio-PEPA的cAMP/PKA/MAPK通路区室模型
计算工程、金融与科学
2009-11-30 v1 计算机科学中的逻辑
分子网络
定量方法
摘要
绝大多数生化系统都涉及不同区室之间的信息交换，这种交换要么以运输的形式进行，要么通过能够将刺激传递到相邻区室的膜蛋白的干预来实现。因此，在对真实生化系统建模时，对区室进行正确的定量处理极为重要。Bio-PEPA过程代数具备显式定义区室体积和膜表面积等定量信息的能力。此外，最近开发的Bio-PEPA Eclipse插件使我们能够对多区室模型进行正确的随机模拟。本文提出了cAMP/PKA/MAPK通路的Bio-PEPA区室模型。我们使用Bio-PEPA Eclipse插件分析该系统，并通过与现有常微分方程模型进行比较，证明了我们模型的正确性。此外，我们进行了计算实验以研究该通路的某些特性。具体而言，我们关注系统对反馈环抑制和增强以及关键通路反应活性变化的响应，并观察这些修改如何影响通路的行为。这些实验有助于理解系统的控制和调节机制。
引用
@article{arxiv.0911.4984,
title = {A compartmental model of the cAMP/PKA/MAPK pathway in Bio-PEPA},
author = {Federica Ciocchetta and Adam Duguid and Maria Luisa Guerriero},
journal= {arXiv preprint arXiv:0911.4984},
year = {2009}
}