使用Bio-PEPA量化SBGN-PD图中的隐式过程流抽象
编程语言
2009-10-09 v1 计算工程、金融与科学
定量方法
摘要
长期以来，生物学家使用生物化学网络的视觉表示来快速了解重要的结构特性。最近，SBGN（系统生物学图形符号）被开发出来，以标准化此类图形地图的绘制方式，从而促进信息交换。其定性过程图（SBGN-PD）基于隐式过程流抽象（PFA），该抽象也可用于构建定量表示，进而可用于系统的自动分析。在此，我们明确描述了支撑SBGN-PD的PFA，并定义了SBGN-PD图元的属性，使其能够捕获生物化学反应网络的定量细节。我们实现了SBGNtext2BioPEPA，这是一个工具，演示了如何利用这些定量细节，从我们开发的SBGN-PD文本表示自动生成可工作的Bio-PEPA代码。Bio-PEPA是一种过程代数，专为实现并发生物化学反应系统的定量模型而设计。我们使用这种方法，通过MAPK信号转导级联的确定性和随机模拟，计算输入与输出之间的预期延迟。本文开发的方案具有通用性，可轻松适配其他输出形式。
引用
@article{arxiv.0910.1410,
title = {Quantifying the implicit process flow abstraction in SBGN-PD diagrams with Bio-PEPA},
author = {Laurence Loewe and Stuart Moodie and Jane Hillston},
journal= {arXiv preprint arXiv:0910.1410},
year = {2009}
}