生化系统过程代数模型分析中的模块化研究
计算工程、金融与科学
2010-02-23 v1 定量方法
摘要
组合性是过程代数的一个关键特性，常被引为其作为建模技术的优势之一。在生化系统中，如同在许多其他系统中一样，使用允许组合式解决问题的形式化方法确实能简化模型构建。在本文中，我们考虑了在模型求解过程中，能在多大程度上利用生化系统过程代数模型中固有的组合结构。本质上，这意味着利用组合结构来指导分解式求解和分析。不幸的是，生化系统的动态行为表现出模型组件之间强烈的相互依赖性，使得分解式求解成为一项困难的任务。尽管如此，我们相信，如果能够建立这种基于过程代数的分解方法，它将为系统生物学建模带来显著的好处。本文基于酵母信息素通路的案例研究，展示了我们在随机过程代数Bio-PEPA中进行建模的初步探索。
引用
@article{arxiv.1002.4063,
title = {Investigating modularity in the analysis of process algebra models of biochemical systems},
author = {Federica Ciocchetta and Maria Luisa Guerriero and Jane Hillston},
journal= {arXiv preprint arXiv:1002.4063},
year = {2010}
}