通过模型降阶实现模型组合：CD95 与 NF-{\kappa}B 信号通路的组合模型
分子网络
2013-10-24 v1
摘要
我们提出了一种新的模型组合方法，该方法基于将多个模型降阶至相同的复杂度水平，随后将它们组合在一起。首先，我们提出了一套可系统应用于给定模型的模型降阶工具。其次，我们提出了最小复杂度模型的概念。该模型是利用这些工具从原始模型中获得的最简模型，但仍能够近似实验数据。第三，我们提出了一种将降阶模型组合在一起的策略。与详细模型的连接得以保留，这在某些应用中具有优势。作为 BioUML 软件的一部分，我们实现了一个用于模型降阶和组合的工具箱，并在整合两个已发表的 CD95 (APO-1/Fas) 信号通路模型的实例中进行了测试。我们表明，降阶模型导致了与 precursor 模型相同的可观测物种动力学行为和预测。组合模型能够重现原始模型作者分别用于校准的几个实验数据集，同时也具有新的动力学特性。
引用
@article{arxiv.1310.6314,
title = {Model composition through model reduction: a combined model of CD95 and NF-{\kappa}B signaling pathways},
author = {Elena Kutumova and Andrei Zinovyev and Ruslan Sharipov and Fedor Kolpakov},
journal= {arXiv preprint arXiv:1310.6314},
year = {2013}
}
备注
Udated version of the paper published in BMC Systems Biology, with corrected description of the methods