生化细胞信号通路中的模型降阶技术
分子网络
2021-09-15 v1 定量方法
摘要
许多生化细胞信号通路的数学模型包含大量元素（物种与反应）。这有时给识别关键模型元素和描述模型动力学带来很大困难。因此，模型降阶技术可作为一种数学工具，用于最小化变量与参数的数量。本论文中，我们综述了细胞信号通路中一些知名的模型降阶方法。我们也提出了一些方法，使模型降阶取得重大进展。这些技术包括准稳态近似（QSSA）、准平衡近似（QEA）、物种集总与熵产生分析。它们被应用于带 microRNA 机制的蛋白质翻译通路、化学反应网络、细胞外信号调节激酶（ERK）通路、NFkB 信号转导通路、延伸因子 EFTu 与 EFTs 信号通路以及二氢叶酸还原酶（DHFR）通路。本论文的主要目标是简化复杂的细胞信号通路模型。这使人更好地理解此类模型的动力学，并给出准确的近似解。结果表明，原模型与简化模型之间具有良好的一致性。
引用
@article{arxiv.2109.06566,
title = {Techniques of Model Reductions in Biochemical Cell Signaling Pathways},
author = {Hemn Mohammed Rasool and Sarbaz H. A. Khoshnaw},
journal= {arXiv preprint arXiv:2109.06566},
year = {2021}
}
备注
140 pages, 98 pages