生化过程状态转移系统模型的规范、构建与精确约简
化学物理
2017-08-23 v1 生物物理
分子网络
摘要
生化反应系统可被视为以大量状态和状态转移为特征的离散事件过程。这些系统可以建模为状态转移系统，其中转移代表单个反应事件。由于它们通常涉及大量相互作用，因此为系统构建这样的模型可能很困难，并且由于产生的状态级模型可能涉及大量状态，模型分析可能困难或不可能。在这里，我们描述了使用超图进行系统高级规范、从高级模型自动生成状态级模型以及使用高级模型中的信息精确约简状态级模型的方法。通过将对称约简和不变量流形约简技术自动应用于高级模型来实现精确约简，从而无需生成完整模型即可实现潜在的显著约简。该方法在生化反应系统中的应用通过描述假设离子通道在不同复杂性水平上的模型来说明。该方法允许将原本难以处理的示例模型约简到可管理的大小。
引用
@article{arxiv.1203.3395,
title = {Specification, Construction, and Exact Reduction of State Transition System Models of Biochemical Processes},
author = {Scott M. Bugenhagen and Daniel A. Beard},
journal= {arXiv preprint arXiv:1203.3395},
year = {2017}
}