应用于 NF-kappaB 系统的生化模型约简“速度系数”方法
分子网络
2015-02-13 v1 动力系统
摘要
生化网络组分与整体系统动力学之间的关系是计算生物学的核心焦点。然而，由于这些网络及其产生的数学模型本质上具有复杂性和非线性，理解这种关系变得极具挑战性。在众多方法中，模型约简方法提供了一条提取负责系统关键动力学特征组分的途径。不幸的是，这些方法的应用往往需要直觉。在本手稿中，我们提出了一种利用快 - 慢渐近分析约简生化反应系统的实用算法。该方法允许根据系统变量趋近其瞬时稳态的速度对其进行排序，从而选择最快的变量进行稳态近似。我们将此方法应用于推导核因子 kappa B（NF-kappaB）网络模型，该网络是免疫反应的关键调节因子，表现出振荡动力学。针对对应于不同实验条件的两个特定解的分析，识别出了分别负责相应动力学的系统不同组分。这一重要演示表明，提供围绕特定稳态近似的约简方法可用于在更广泛的背景下更好地理解网络拓扑结构。
引用
@article{arxiv.1403.1610,
title = {A method of `speed coefficients' for biochemical model reduction applied to the NF-kappaB system},
author = {Simon West and Lloyd J. Bridge and Michael R. H. White and Pawel Paszek and Vadim N. Biktashev},
journal= {arXiv preprint arXiv:1403.1610},
year = {2015}
}
备注
29 pages, 13 figures, as accepted to J Math Biol 2014/03/06