基于BlenX的复杂反应机制组合建模
计算工程、金融与科学
2010-02-23 v1 定量方法
摘要
分子相互作用以引人入胜的方式连接，导致生物系统产生复杂行为。理论建模为理解此类网络的动态和功能提供了有用的框架。生物网络的复杂性要求使用概念工具来管理可能相互作用集合的组合爆炸。应对复杂性的一个合适概念工具是组合性，它已成功用于过程代数领域对计算机系统进行建模。我们依靠源自beta-binders过程演算的BlenX编程语言，来指定和模拟生物电路的高级描述。BlenX的Gillespie随机框架需要将现象学函数分解为基本基元反应。本研究展示了将复杂反应机制系统地拆解为BlenX模板的过程。讨论了缺失参数的估计/推导以及随机过程代数中组合式模型构建所面临的挑战。以生物钟为例，作为BlenX组合性的案例研究进行了展示。
引用
@article{arxiv.1002.4065,
title = {BlenX-based compositional modeling of complex reaction mechanisms},
author = {Judit Zámborszky and Corrado Priami},
journal= {arXiv preprint arXiv:1002.4065},
year = {2010}
}