基于测地曲率驱动蛋白-膜界面的蛋白质诱导膜形态计算模型
软凝聚态物质
2020-06-29 v1 定量方法
摘要
嵌入蛋白诱导的双层膜形态动力学连续体或混合建模，需要识别蛋白-膜界面并耦合两个表面的形变。本文中我们发展了（i）描述这些界面的极小总测地曲率模型，以及（ii）通过每个表面到公共中间环面的共形映射实现两表面间的一一数值映射。我们的工作提供了首个计算上易处理的确定双层膜与嵌入蛋白之间界面的方法。该一一映射便于方便地耦合两个表面的形态。我们将这两项新发展整合进蛋白-膜相互作用的能量模型中，并针对该耦合系统开发了完整的数值方法。文中给出数值算例以展示（1）我们的方法在高度复杂的蛋白表面上定位极小总测地曲率曲线时的效率与稳健性，（2）这些界面作为膜形变内边界的实用性，以及（3）不同蛋白-膜界面下双层表面的丰富形态。
引用
@article{arxiv.2006.14685,
title = {A Computational Model of Protein Induced Membrane Morphology with Geodesic Curvature Driven Protein-Membrane Interface},
author = {Y. C. Zhou and David Argudo and Frank Marcoline and Michael Grabe},
journal= {arXiv preprint arXiv:2006.14685},
year = {2020}
}