外周膜蛋白与脂质的特异性相互作用：分子模拟能告诉我们什么？
生物物理
2023-11-14 v1
摘要
外周膜蛋白可可逆且特异地结合于生物膜，以执行细胞信号传导、酶促活性或膜重塑等功能。这些蛋白及其脂质结合结构域的结构通常以可溶形式解析，有时结合位点处带有脂质或脂质头部基团。为提供外周膜蛋白与膜相互作用的详细分子视图，可应用分子动力学 (MD) 模拟等计算方法。在此，我们概述近期表征这些结合相互作用的尝试，聚焦于胞内蛋白（如 PIP 结合结构域）与胞外蛋白（如糖脂结合细菌外毒素）。我们比较从模拟数据识别与分析脂质结合位点的方法。我们强调近期利用自由能计算表征这些相互作用能量的工作。我们描述方法与计算能力的改进将如何助力 MD 模拟在未来持续贡献于该领域。
引用
@article{arxiv.2202.00492,
title = {Specific interactions of peripheral membrane proteins with lipids: what can molecular simulations show us?},
author = {Andreas Haahr Larsen and Laura H. John and Mark S. P. Sansom and Robin A. Corey},
journal= {arXiv preprint arXiv:2202.00492},
year = {2023}
}
备注
Review