免疫受体信号传导的规则建模导论

细胞通过化学相互作用处理外部和内部信号。构成免疫系统的细胞（例如抗原呈递细胞、T细胞、B细胞、肥大细胞）可具有不同的功能（例如适应性记忆、炎症反应），这取决于细胞表面受体分子的类型和数量以及这些受体激活的特定细胞内信号通路。显式建模和模拟分子间的动力学相互作用，使我们能够提出关于信号网络在各种条件下动态行为的问题。然而，化学动力学在生化信号系统中的应用一直受到所考虑系统复杂性的限制。规则建模（BioNetGen、Kappa、Simmune、PySB）是一种应对此种复杂性的方法。在本章中，通过应用于Fc$\varepsilon$RI受体系统，我们将探讨大分子相互作用中复杂性的起源，展示如何使用规则建模应对复杂性，并演示如何在BioNetGen框架中构建模型。开源BioNetGen软件和文档可在 http://bionetgen.org 获取。