相互作用网络中转录响应的全局建模
分子网络
2012-02-03 v1 计算工程、金融与科学
定量方法
应用统计
机器学习
摘要
动机：细胞生物学过程通过基因及其产物之间复杂的相互作用网络进行调控。这些过程、其激活条件以及相关的转录响应往往是未知的。对网络激活进行全生物体建模可以揭示不同生理条件之间独特和共享的机制，以及潜在的未知过程。我们介绍了一种用于在相互作用网络中发现和分析全生物体转录响应的新方法。该方法在网络中搜索在部分条件下表现出协调转录响应的局部连通区域。已知的基因间相互作用被用于限制搜索空间并指导分析。在人类通路网络上的验证揭示了生理上一致的响应、生理条件之间的功能相关性，以及基因的协调且特定于背景的调控。可用性：实现代码可在 R 和 Matlab 中免费获取，网址为 http://netpro.r-forge.r-project.org
引用
@article{arxiv.1202.0501,
title = {Global modeling of transcriptional responses in interaction networks},
author = {Leo Lahti and Juha E. A. Knuuttila and Samuel Kaski},
journal= {arXiv preprint arXiv:1202.0501},
year = {2012}
}
备注
19 pages, 13 figures