生化反应中分子感知的自动机

生物分子间的局部相互作用及其环境所扮演的角色，在生化反应建模中日益受到关注。通过定义分子感知自动机，我们探索了一种基于智能体的生物分子在活细胞中行为的表示方式。我们的方法将分子感知其周围环境的能力视为双分子相互作用的关键属性，并从理论角度加以研究。随后利用基于图的反应系统，将酶调控抽象为环境对所催化反应施加影响的结果。通过结合这些方法，我们旨在克服当前动力学模型的一些局限，这些模型未考虑局部分子相互作用及其受反应环境影响的方式。