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利用化学反应的环状特性自动推断图变换规则

离散数学 2016-04-22 v1 数据结构与算法

摘要

图变换系统有潜力成为化学的逼真模型,前提是可以从化学知识体中提取出全面的反应规则集合。规则学习的一个关键首要步骤是计算原子-原子映射,即所有已发表化学反应中产物与反应物之间的原子级对应。这可以被表述为一个最大公共边子图问题,其约束是过渡态必须具有环状结构。我们描述了一种非常适用于小编辑距离的搜索树方法,以及一种最适用于一般实例的整数线性规划,并以一个手动整理的生物化学反应数据库为例,证明在大规模上计算原子-原子映射是可行的。在此背景下,我们探讨了网络补全问题。

关键词

引用

@article{arxiv.1604.06379,
  title  = {Automatic Inference of Graph Transformation Rules Using the Cyclic Nature of Chemical Reactions},
  author = {Christoph Flamm and Daniel Merkle and Peter F. Stadler and Uffe Thorsen},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1604.06379},
  year   = {2016}
}

备注

ICGT 2016 : 9th International Conference on Graph Transformation, extended technical report