从形状空间在完全核置换-反演群商空间下的反应路径图重构
化学物理
2023-08-31 v2
摘要
本研究开发了一种从势能搜索算法的输出中在形状空间重构反应路径图（RRM）的算法。为此，使用 GRRM 作为势能搜索算法，但所提算法原则上应可与其他势能搜索算法协同工作。该算法不需要对分子构型进行任何编码，因此适用于难以获得高效编码的复杂实际分子。我们展示了由对称群作用相互映射的 RRM 子图是同构的，并给出了计算 Longuet--Higgins 意义下可行变换集合的算法。我们在玩具模型及更实际的分子中演示了所提算法。最后，我们从自身视角评述了绝对反应速率理论。
引用
@article{arxiv.2305.08072,
title = {Reproducing Reaction Route Map on the Shape Space from its Quotient by Complete Nuclear Permutation-Inversion group},
author = {Hiroshi Teramoto and Takuya Saito and Masamitsu Aoki and Burai Murayama and Masato Kobayashi and Takenobu Nakamura and Tetsuya Taketsugu},
journal= {arXiv preprint arXiv:2305.08072},
year = {2023}
}