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ReactAIvate:面向预测反应机制与揭示活性热点点的深度学习方法

化学物理 2024-07-16 v1 人工智能 机器学习

摘要

化学反应机制(CRM)是一系列涉及键断裂/键形成过程的分子水平事件,沿反应路径生成瞬态中间体,使反应物转化为产物。理解此类机制对于设计和发现新反应至关重要。目前探索CRM的主要方法之一是量子力学(QM)计算。鉴于QM方法的计算资源密集以及基于机制的数据稀缺,迫切需要开发可靠的机器学习模型来预测机制。本研究构建了一个包含七类不同类别的综合数据集,每类代表唯一特征的 elementary 步骤。随后,我们开发了一种可解释的注意力机制图神经网络(GNN),分别在反应步骤分类和预测每一步中活性原子方面取得近乎完美和96%的准确率,捕捉到更广阔反应背景与局部活性区域之间的相互作用。近乎完美的分类使我们能够准确预测单个事件以及整个CRM,弥合了基于序列到序列(Seq2Seq)方法中错误预测字符导致反应机制识别不连贯的潜在缺陷。除了可解释性,我们的模型也能从分布之外的类别中准确识别关键原子。这种可 generalization 能力使得新反应类型可以以模块化方式纳入,从而对理解新分子活性方面具有重要价值。

关键词

引用

@article{arxiv.2407.10090,
  title  = {ReactAIvate: A Deep Learning Approach to Predicting Reaction Mechanisms and Unmasking Reactivity Hotspots},
  author = {Ajnabiul Hoque and Manajit Das and Mayank Baranwal and Raghavan B. Sunoj},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2407.10090},
  year   = {2024}
}

备注

Accepted to 27th ECAI main track