关于化学反应网络模型的定量比较
分子网络
2019-07-11 v1 离散数学
计算机科学中的逻辑
摘要
化学反应网络(CRNs)为建模广泛生物系统提供了便利的语言。这些模型通常依据其在确定性或随机模拟中生成的时间序列来研究。随后分析其动态行为,常采用基于微分方程的确定性方法并聚焦于稳态。在此,我们提出一种比较 CRNs 在随机模拟中行为的方法。我们的方法基于将随机模拟给出的通量图作为其行为动态的抽象表示。这使我们能比较任意两个 CRN 在任意时间间隔上的行为,并定义其上的等价概念,该概念在最低表示层次上与图同构重叠。所比较 CRN 之间的相似性可按其距离量化。结果可用于精炼模型,或以产生相同行为的较小模型替换较大模型,或反之。
引用
@article{arxiv.1907.04319,
title = {On Quantitative Comparison of Chemical Reaction Network Models},
author = {Ozan Kahramanoğulları},
journal= {arXiv preprint arXiv:1907.04319},
year = {2019}
}
备注
In Proceedings HCVS/PERR 2019, arXiv:1907.03523