化学反应网络的普适慢动力学
分子网络
2024-05-16 v3 统计力学
适应与自组织系统
摘要
理解化学反应网络(CRNs)的涌现行为是生物学及其从无生命物质起源的一个基本方面。封闭 CRN 单调趋于热平衡,但当其向外部库开放时,可能出现一系列行为,包括转变到新的平衡态、非平衡态或无限增长。本研究表明,缓慢驱动的 CRN 受封闭系统守恒量的支配,这些守恒量在数量上通常远少于物种数。考虑确定性与随机动力学,利用奇异扰动方法推导出一个普适慢动力学方程,并证明其热力学一致性。该慢动力学对网络的微观细节具有高度鲁棒性,而微观细节在实际情形中可能无法获知。特别地,可在不知晓主体反应速率的情况下求解现实大型 CRN 的非平衡态。该框架在一组复杂度递增的网络上成功得到验证,并被认为与将开放 CRN 作为化学机器的处理相关。
引用
@article{arxiv.2304.10072,
title = {Universal Slow Dynamics of Chemical Reaction Networks},
author = {Masanari Shimada and Pegah Behrad and Eric De Giuli},
journal= {arXiv preprint arXiv:2304.10072},
year = {2024}
}
备注
11 pages + 21 pages SI; v2: added references, explanatory text, & examples, revised discussion of stochastic treatment. v3: added discussion of minor generalizations