使用 NAUTY 计数化学反应网络
分子网络
2017-06-01 v1 组合数学
动力系统
摘要
拥有给定规模下、带有或不带有各种限制条件的非同构化学反应网络（CRNs）的完整列表是很有用的。例如，人们可能对探索某些动力学行为在小规模 CRNs 中出现的频率感兴趣，或者希望找到一些例子来说明理论的某个方面。在这种情况下，很自然的做法是从每个 CRN 同构类中选取一个代表进行研究。受 Deckard 等人相关项目（质量作用反应网络的枚举与在线库。http://arXiv.org/abs/0901.3067, 2009）的启发，本文档概述了列出各类感兴趣 CRNs 的方法论，这些类别包括，例如，一般 CRNs、动力学非平凡 CRNs、弱可逆 CRNs、全开放 CRNs 等。随附数据（即各类别中非同构 CRNs 的列表）可在 https://reaction-networks.net/networks/ 获取。请注意，文档和数据均在不断完善中。
引用
@article{arxiv.1705.10820,
title = {Counting chemical reaction networks with NAUTY},
author = {Murad Banaji},
journal= {arXiv preprint arXiv:1705.10820},
year = {2017}
}