质量作用反应网络的枚举与在线库
分子网络
2009-01-21 v1
摘要
本工作的目的是向社区提供一个给定规模的大量质量作用反应网络集合，以供进一步研究。该集合限于在现代多核桌面计算机上可在合理时间（< 20 天）内计算的内容。我们目前已生成超过 4700 万个独特的反应网络。所有当前生成的网络集均可获取，并且随着新集合的完成，它们也将被提供。还提供了将其转换为不同格式的程序，以及文档和示例。所有程序的源代码和二进制文件均包含在内。这些可从 (http://www.sys-bio.org/networkenumeration) 下载。该网络库将允许对反应网络空间进行深入研究。此外，这些方法可作为未来枚举其他类型生物网络（如基因调控网络和包含调控的质量作用网络）工作的示例。
引用
@article{arxiv.0901.3067,
title = {Enumeration and Online Library of Mass-Action Reaction Networks},
author = {Anastasia C. Deckard and Frank T. Bergmann and Herbert M. Sauro},
journal= {arXiv preprint arXiv:0901.3067},
year = {2009}
}
备注
17 pages, 6 figures