合成与调谐具有指定行为的化学反应网络
新兴技术
2015-08-19 v1
摘要
我们考虑如何从功能规范生成化学反应网络(CRNs)。我们提出一种结合可满足性模理论合成与基于马尔可夫链蒙特卡洛优化的两阶段方法。首先，我们识别出能为给定有限输入集产生正确计算的候选CRNs。我们随后利用应用于化学主方程的随机搜索技术组合来优化每个CRN的反应速率，同时改进正确行为的并排除伪解。此外，我们利用连续时间马尔可夫链理论的技术来研究每个CRN的期望终止时间。我们通过识别用于多数决策和除法计算的CRNs来阐释我们的方法，其中包括已知和未知网络的识别。
引用
@article{arxiv.1508.04403,
title = {Synthesizing and tuning chemical reaction networks with specified behaviours},
author = {Neil Dalchau and Niall Murphy and Rasmus Petersen and Boyan Yordanov},
journal= {arXiv preprint arXiv:1508.04403},
year = {2015}
}
备注
17 pages, 6 figures, appeared the proceedings of the 21st conference on DNA Computing and Molecular Programming, 2015